/https://274418.selcdn.ru/cv08300-33250f0d-0664-43fc-9dbf-9d89738d114e/uploads/695002/47a8c407-3dd0-4c9f-af49-9d5039fcfeed.png)
/https://274418.selcdn.ru/cv08300-33250f0d-0664-43fc-9dbf-9d89738d114e/uploads/695002/24913bfb-60f5-4380-bf75-86a3d52a3801.png)
Отсутствие мониторинга
Без анализа генома невозможно отслеживать изменения вируса во времени, определять источник заражения и оценивать эффективность проводимых мероприятий.
ORF5/ORF7
Высокопроизводительноe
секвенирование
участков генома
Уникальное на российском рынке, современное NGS-решение для точной диагностики РРCС, мониторинга эволюции вируса и формирования эффективной стратегии защиты стада
Проблема
Почему традиционные методы недостаточны?
Стандартные подходы к диагностике РРСС не дают полной картины для эффективного контроля заболевания
Секвенирование по Сэнгеру
Не всегда дает четкий результат, особенно при смешанных инфекциях. Не способно оценить наличие минорных популяций вируса (примесей других штаммов) ниже 20%. Часто неэффективно на низкокопийных пробах.
ПЦР-диагностика
Позволяет только определить тип вируса (Европейский или Американский), но не дает информации о штамме, кладе или генетических особенностях. Не отличает вакцинные штаммы от полевых.
/https://274418.selcdn.ru/cv08300-33250f0d-0664-43fc-9dbf-9d89738d114e/uploads/695002/3f84bbf7-9a3d-444e-9165-c394d4a02f7d.png)
Решение
Наше решение — высокопроизводительный анализ ORF5/ORF7
Комплексный подход от выделения РНК до филогенетического анализа ключевых регионов вируса РРСС
01
Выделение РНК и ПЦР
Выделение качественной РНК даже из низкокопийных проб (Ct <31) с последующей амплификацией ORF5/ORF7 регионов
02
NGS-секвенирование
Высокопроизводительное секвенирование на платформе Illumina для получения полных данных по целевым регионам
03
Bioinformatic анализ
Точное картирование и анализ последовательностей ORF5/ORF7 с определением штаммов и минорных популяций
04
Интерпретация результатов
Подготовка подробного отчета с филогенетическим анализом и практическими рекомендациями для хозяйства
Преимущества
Сравнение методов диагностики
NGS-решение для ORF5/ORF7 превосходит традиционные подходы
/https://274418.selcdn.ru/cv08300-33250f0d-0664-43fc-9dbf-9d89738d114e/uploads/695002/d4b61599-2b4e-4aad-8db6-8877348e6b97.webp)
| Характеристика | ПЦР | Секвенирование по Сэнгеру | Наше NGS-решение |
|---|---|---|---|
| Определение штамма (вакцинный/полевой) | Только качественное определение | ✓ | ✓ |
| Определение клады/подтипа | — | ✓ | ✓ |
| Выявление минорных популяций вируса | — | — | ✓ |
| Работа с низкокопийными пробами (Ct <31) | ✓ | Часто неэффективно | ✓ |
| Филогенетический анализ (установление родства) | Не проводится | ✓ | ✓ |
| Мониторинг изменений вируса в динамике | — | ◐ | ✓ |
Пример работы
Отчет о секвенировании
Каждый клиент получает детализированный протокол с полной информацией о результатах анализа
ORF5
Результаты BLAST анализа ORF5
| Description | Max Score | Query Cover | E value | Per. ident | Accession |
|---|---|---|---|---|---|
| Porcine respiratory and reproductive syndrome virus strain TM-2 major envelope glycoprotein GP5 gene, complete cds | 628 | 82% | 3e-175 | 85.57 | EU071244.1 |
| Betaarterivirus europepsis isolate WestSib13, complete genome | 547 | 99% | 2e-167 | 81.63 | KX668221.1 |
| Porcine reproductive and respiratory syndrome virus isolate BEL/WVL/2019/S06 PP1ab (ORF1ab), PP1a (ORF1a), GP2 (ORF2a), GP3 (ORF3), GP4 (ORF4), GP5 (ORF5), M (ORF6), and N (ORF7) genes, complete cds | 603 | 99% | 8e-151 | 80.27 | MZ417496.1 |
Sequence
ORF5 последовательность
ATTGCTTGTCTGTTCGCCATACTTTTGGCGATATGAAATGTTCTCGCAGATTGGGGAGTTTCTCGACTCCTCACTCCTACT CCTGTTGGCTTTTTTTGTCGTCTATCAGTTTGTTCTGGTCCTTTGCCGACGCGAGCGGCAACAGCTCGACACGCCAATACA TATATAACTTGACGATATGTGAGCTGAATGGGACCGATTGGTTGTCCGGGCATTTCGACTGGGCAGTTGAGTGCTTTGTG CTTTACCCTGTGGCGACGCACATCCTTTCGTTGGGTTTCCTCACGTCGGGTCATCTTTTTGACTCACTCGGCCTCGGGGCC GTCACTGTTGCCGGGTATTACCACCAGCGGTACGTGCTTAGCAGCATATATGGTGTTTGCGCACTTGCTGCATTTGTGTG CTTTGCTATTCGTGCCGTTAAAAACTGCATGGCATGTCGCTACGCCCGTACTCGGTTTACCAATTTTATTGTGGATGACCG AGGGAGAGTTCATCGGTGGAAATCCCCTATAATAGTTGAGAAATCAGGCAAGGCTGAGGTCGGCAGTAACCTTGTTACTG TTAAGCACGTTGTCTTAGAAGGAGTTAGAGCACAACCCTTGATCAAGACTCCAGCTGAACAATGGGAAGCTTAGATGACT TCTGCCACGACCCCACTGCCGCACATAAATTGGTACTTGCATTTAGCATCACATATACACCCATAATGATATACGCCCTGA AGGTGTAGATCG
Процесс
Как мы работаем?
Процесс сотрудничества от заявки до получения результатов
01
Консультация и оформление заказа
Обсуждаем задачи, согласовываем детали и высылаем комплект для отбора проб
02
Отбор и отправка проб
Вы отбираете пробы (кровь, органы) и отправляете их в наш лабораторный комплекс
03
Лабораторный анализ
Проводим выделение РНК, ПЦР и подготовку библиотек для секвенирования ORF5/ORF7
04
Bioinformatic анализ
Проводим анализ последовательностей ORF5/ORF7 с определением штаммов и филогенетическим анализом
05
Подготовка отчета
Формируем подробный отчет с результатами и практическими рекомендациями для вашего хозяйства
ORF5/ORF7
Готовы получить полную картину по РРСС в вашем хозяйстве?
Оставьте заявку для консультации или расчета стоимости услуг. Наши эксперты ответят на все ваши вопросы.