Для связи:
Skylamp@list.ru

Проблема Решение Преимущества Пример отчета

Высокопроизводительноe
секвенирование
участков генома

Уникальное на российском рынке, современное NGS-решение для точной диагностики РРCС, мониторинга эволюции вируса и формирования эффективной стратегии защиты стада

ORF5/ORF7

Почему традиционные методы недостаточны?

Стандартные подходы к диагностике РРСС не дают полной картины для эффективного контроля заболевания

Отсутствие мониторинга

Секвенирование по Сэнгеру

Не всегда дает четкий результат, особенно при смешанных инфекциях. Не способно оценить наличие минорных популяций вируса (примесей других штаммов) ниже 20%. Часто неэффективно на низкокопийных пробах.

ПЦР-диагностика

Позволяет только определить тип вируса (Европейский или Американский), но не дает информации о штамме, кладе или генетических особенностях. Не отличает вакцинные штаммы от полевых.

Без анализа генома невозможно отслеживать изменения вируса во времени, определять источник заражения и оценивать эффективность проводимых мероприятий.

Наше решение — высокопроизводительный анализ ORF5/ORF7

Комплексный подход от выделения РНК до филогенетического анализа ключевых регионов вируса РРСС

Выделение РНК и ПЦР

Выделение качественной РНК даже из низкокопийных проб (Ct <31) с последующей амплификацией ORF5/ORF7 регионов

NGS-секвенирование

Высокопроизводительное секвенирование на платформе Illumina для получения полных данных по целевым регионам

Bioinformatic анализ

Точное картирование и анализ последовательностей ORF5/ORF7 с определением штаммов и минорных популяций

Интерпретация результатов

Подготовка подробного отчета с филогенетическим анализом и практическими рекомендациями для хозяйства

Сравнение методов диагностики

Почему наше NGS-решение для ORF5/ORF7 превосходит традиционные подходы

Характеристика

ПЦР

Секвенирование по Сэнгеру

Наше NGS-решение

Определение штамма (вакцинный/полевой)

Определение клады/подтипа

Выявление минорных популяций вируса

Работа с низкокопийными пробами (Ct <31)

Филогенетический анализ (установление родства)

Мониторинг изменений вируса в динамике

Только качественное определение

Часто неэффективно

Не проводится

31.6

547

603

Пример отчета о секвенировании

Каждый клиент получает детализированный отчет с полной информацией о результатах анализа

Результаты BLAST анализа ORF5

Description

Max Score

Query Cover

E value

Per. ident

Accession

Porcine respiratory and reproductive syndrome virus strain TM-2 major envelope glycoprotein GP5 gene, complete cds

Betaarterivirus europepsis isolate WestSib13, complete genome

Porcine reproductive and respiratory syndrome virus isolate BEL/WVL/2019/S06 PP1ab (ORF1ab), PP1a (ORF1a), GP2 (ORF2a), GP3 (ORF3), GP4 (ORF4), GP5 (ORF5), M (ORF6), and N (ORF7) genes, complete cds

628

82%

99%

3e-175

2e-167

8e-151

85.57

81.63

80.27

EU071244.1

KX668221.1

MZ417496.1

Показатели пробы

Значение Ct

ORF5 последовательность

ATTGCTTGTCTGTTCGCCATACTTTTGGCGATATGAAATGTTCTCGCAGATTGGGGAGTTTCTCGACTCCTCACTCCTACT CCTGTTGGCTTTTTTTGTCGTCTATCAGTTTGTTCTGGTCCTTTGCCGACGCGAGCGGCAACAGCTCGACACGCCAATACA TATATAACTTGACGATATGTGAGCTGAATGGGACCGATTGGTTGTCCGGGCATTTCGACTGGGCAGTTGAGTGCTTTGTG CTTTACCCTGTGGCGACGCACATCCTTTCGTTGGGTTTCCTCACGTCGGGTCATCTTTTTGACTCACTCGGCCTCGGGGCC GTCACTGTTGCCGGGTATTACCACCAGCGGTACGTGCTTAGCAGCATATATGGTGTTTGCGCACTTGCTGCATTTGTGTG CTTTGCTATTCGTGCCGTTAAAAACTGCATGGCATGTCGCTACGCCCGTACTCGGTTTACCAATTTTATTGTGGATGACCG AGGGAGAGTTCATCGGTGGAAATCCCCTATAATAGTTGAGAAATCAGGCAAGGCTGAGGTCGGCAGTAACCTTGTTACTG TTAAGCACGTTGTCTTAGAAGGAGTTAGAGCACAACCCTTGATCAAGACTCCAGCTGAACAATGGGAAGCTTAGATGACT TCTGCCACGACCCCACTGCCGCACATAAATTGGTACTTGCATTTAGCATCACATATACACCCATAATGATATACGCCCTGA AGGTGTAGATCG

Визуализация результатов